首先，两者的受众定位不同。“慕课”全称大规模在线开放课程，目标群体的范围要比传统课堂更加广泛，而微课的受众范围要比慕课小的多。传统课堂或者在线直播课程目标群体为几十个人的班级，微课的受众定位以这些班级的学生为主体，而慕课的受众是以兴趣导向，任何对相关课程感兴趣的都可以直接参与，观看人数最多可以达到十几万人次。

其次，两者的时间要求不同。慕课的时长要比微课更长一些，慕课无论讲授什么内容，基本是以一课时为基本单位，时间安排与传统课堂差别不大；而微课的时长一般在八分钟左右，不会超过十分钟。其原因是，慕课要满足一套完整的课程体系的要求，而微课只需要讲述一个知识点就可以了。

再次，两者的课程性质不同。慕课的课程体系比较完整而且相对独立，是精品开放课程的主要形式，由网络直播和录播两种形式相结合，所以学生学习慕课需要单次投入的精力更多一些。而微课的课程体系相对分散，一般作为常规课程的辅助或补充手段，一个微课视频通常只讲授一个知识点，由于时间相对较短，学生学习微课的时间安排也更加灵活，可以利用碎片化的时间进行学习，慕课则不具备这种特质。

最后，两者的难易程度不同。慕课由于受众范围比微课更加广泛，所以慕课知识点也相对普及化，更加通俗易懂，以符合更多学生的学习节奏。而微课讲授的知识点普遍是常规课程的重难点内容，讲求一个知识点的精细化，需要对知识点所在的整个单元有一个系统的理解之后，再去通过微课的方式查缺补漏，所以课程难度也普遍比微课难度高一些。